1. Validated Compound Library　リポジショニングや構築アッセイ系の確認に用いられるサンプルのセット
   既存薬 約1800サンプル、既知薬理活性試薬 約2300サンプル
   ご希望の方には、事前にお渡しする一覧表からチェリーピック提供も可能
2. Core Library　当機構の化合物ライブラリーの構造多様性等を考慮して選抜した代表9600サンプル
   類似化合物を準備
   サンプル数の削減（一部提供）や分割提供可能
   細胞内標的用コア2400サンプルを内包
3. Advanced Core Library　Core Library評価後、Full Library（全化合物）の評価は困難だが、
   さらに評価数を拡大されたい方のために選抜した22400サンプル
4. Fragment Library, Scaffold Library　存在しうる化合物の種類（ケミカルスペース）が比較的少なく、合成展開による官能基修飾の余地がある分子量250以下のフラグメント化合物や分子量250～300のスキャフォールド化合物などを重点的に集めた物理化学的アッセイにも用いられる低分子量のサンプル
5. Focused Library　①kinase②GPCR③タンパク質間相互作用④ion channel⑤proteaseに対して
   高ヒット率が期待される化合物、あるいは、ヌクレオシド類縁化合物を収集・合成したサンプル
6. 企業寄託化合物　小野薬品工業(株)、東和薬品(株)、第一三共(株)、田辺三菱製薬(株)より
   寄託を受けたサンプル（利用条件はそれぞれ異なる。企業研究および企業との共同研究での利用は不可。）
7. AMED中分子化合物　タンパク質間相互作用の阻害を予測して合成した15000サンプル、サプライヤ市販品を収集した59764サンプル（利用条件は一般化合物と異なる。企業研究および企業との共同研究での利用は不可。一般に分子量が大きな分子ほど生体分子との相互作用が強い可能性があり、低分子では難しいとされるタンパク質間相互作用の阻害が期待できる。ケミカルスペースに占めるスクリーニング化合物の割合、溶解度や膜透過性などの物性面、合成展開性で有利な低分子と比較されてご利用ください。）

弊機構の化合物ライブラリーは、2006年度より構築を開始した。当時の市販化合物データベースより忌避部分構造を考慮しつつ、タンパク質親和性候補化合物を広く選択した後、化学構造の多様性を確保するために化合物の記述子に基づくクラスタリングを行い、その各クラスタより代表化合物を収集した。大学研究室由来などのユニークな骨格構造をもつ化合物や市販天然化合物、天然化合物誘導体も精力的に収集した。